All tags Histone H3 研究组蛋白修饰的方法和工具

研究组蛋白修饰的方法和工具

无论您是要对组蛋白修饰进行定量,还是检测或抑制“writes”和“erasers”的活性,我们都可以帮助您在表观遗传学研究中脱颖而出。

​​​​

从样本制备到修饰的检测与表征研究,我们的指南会帮助您选择最适合您实验的技术和试剂。

第一步 - 样本制备

无论是使用细胞或者组织,试剂材料的充分准备必不可少。下表总结了不同的样本提取类型适合的的应用,以及相应的试剂盒,可以帮助您迅速完成该步骤。


全细胞提取

细胞核提取

细胞核(无核酸)提取

组蛋白提取

染色质提取

应用

酶活测定

蛋白质检测

酶活测定

蛋白质检测

蛋白质检测

组蛋白检测

ChIP染色质免疫共沉淀

DNA-蛋白质结合测定

核酶测定

样本类型和用量

细胞:2-5 百万

细胞:2-5 百万

组织:可变

细胞:2-5 百万

组织:可变

细胞:2-5 百万

组织:10 mg

细胞:0.1-10 百万

组织:50-200 mg

测定时间

≤ 45 分钟

≤ 60 分钟

≤ 60 分钟

≤ 60 分钟

≤ 60 分钟

产品编号

ab113475

ab113474

ab113477

ab113476

ab117152

​​​​

组蛋白修饰整体水平的量化


研究组蛋白翻译后修饰 (PTM) 的第一步往往是来看整个基因组 PTM 水平的总变化。针对特定蛋白或特定修饰的抗体可用于蛋白质免疫印迹 (WB)、免疫组织化学 (IHC)、免疫细胞化学 (ICC) 和 ELISA 技术。

例如,我们的 组蛋白 WB 实验方案 可用于比较疾病与健康样本中的总的组蛋白 PTM。这种情况下,内参可使用核对照抗体如 抗组蛋白 H3 (ab1791)

组蛋白 PTM 也可通过特定检测的比色法或荧光法定量,如果您的样本量大,可以帮助您迅速扩大实验规模。

相关产品

​​

修饰的检测与定量 ChIP​

染色质免疫共沉淀 (ChIP) 可以识别基因组中的组蛋白修饰。ChIP 利用抗体分离得到目的蛋白或修饰,及与之结合的 DNA。ChIP可以用来检测目的蛋白或修饰在基因组中的位置,及相对丰度。

ChIP 检测组蛋白修饰是分析染色质结构和基因表达的强有力工具。例如,H3K9me3 标记异染色质和卫星重复序列,H3K27me3启动子在基因富集区域,H3K4me1 激活增强子,而 RNA pol II S2 S5位点磷酸化则分别与转录的起始和延伸有关。

我们的 ChIP 试剂盒 助您进行高质量、可重复的 ChIP。

ChIP 实验中最重要的因素就是抗体。

关键组蛋白修饰与相关蛋白的 ChIP 级别抗体
组蛋白 H3H3K4me1H3K27me3H3K9me3
H3K27acH3K9acH3S10pH3R2cit
H3K27MH2AK119ubγH2A.X组蛋白 H4
H4K16acRNA pol II 磷酸化 S2RNA pol II phopsho S5RNA pol II
在我们的拓展目录中查看所有 ChIP 级别抗体ChIP 资源

ChIP 资源 

​​

“writers”与“erasers”的活性检测

​​
组蛋白修饰的添加和去除由被称为“writers”和“erasers”的酶完成。它们的活性可以通过相应的酶活性检测方法来检测。包括在表观遗传机制或药物发现的背景下研究组蛋白修饰途径的表征,而化合物(即潜在抑制剂)可以在其中一些检测方法中进行筛选。

关于我们的“writers”和“erasers”酶活定量试剂盒,请参见 组蛋白甲基化与去甲基化检测指南。

下表详细介绍了参与特定组蛋白 PTMs 的“writers”和“erasers”。

​​

修饰

人重组蛋白

H3K4 甲基化

SETD7NSD3KMT2A, KMT2C, KMT2D, PRDM9, SETD1A, SETD1B, SMYD3 

H3K4 去甲基化

KDM1AKDM2BKDM5AKDM5BKDM5C, KDM5D, PHF8C14-orf169/NO66

H3K27 甲基化

EZH1EZH2NSD2NSD3G9A, EHMT1

H3K27 去甲基化

PHF8KDM6AKDM6BKDM7A

组蛋白去乙酰化

HDAC1 to 11

​​​

“writers”,“erasers”与“reader”的抑制

利用小分子化合物抑制这些酶活性,有助于探索组蛋白修饰的生物学功能。欲了解更多关于这些化合物的作用机制,请参见我们的组蛋白 H3 甲基转移酶和去甲基化酶抑制剂指南。有些化合物可抑制组蛋白修饰结合蛋白(也称为“reader”)的功能。例如,JQ1 可抑制 BET 蛋白家族的溴区结构域与乙酰化赖氨酸的相互作用。  

“writers”,“erasers”与“reader”的抑制剂是研究表观遗传修饰途径的关键工具,在学术和制药行业的临床前研究中,对于“成药”靶点的验证也是必不可少的。

相关产品:

  • JQ1,有效的选择性穿膜 BET 溴区结构域抑制剂,a potent, selective and cell-permeable BET bromodomain inhibitor
  • GSK-J4,一种穿膜组蛋白去甲基化酶 JMJD3/UTX 抑制剂,a cell-permeable histone demethylase JMJD3/UTX inhibitor
  • MI-192 盐酸盐,一种选择性 HDAC2/3 抑制剂,a selective HDAC2/3 inhibitor

在此 查看抑制剂的完整列表。


质谱鉴定新型组蛋白修饰

​​

质谱 (MS) 已成为组蛋白 PTM 研究必不可少的工具1。只需对传统 MS 的自底向上模式稍加改动,便可鉴定出单个肽段的多个新型修饰2。它涉及样本的化学衍生以增加序列覆盖率。MS 光谱中可见 PTM 引起质量偏移:如甲基会偏移 +14 Da,而乙酰基偏移 +142 Da。

Orbitraps 等高分辨率分析仪通常用于进行组蛋白 PTM 分析,因为它们可以区分质量特征近乎相同间的 PTM(例如区分 42.0106 Da 的乙酰化和 42.0470 Da 的三甲基化)3

进一步 MS/MS 裂解和液相色谱洗脱实验可用于在体内验证最新发现的修饰,重同位素标记和抗体检测通常与之共同进行。


参考文献


1.          Karch, K. R., DeNizio, J. E., Black, B. E. & Garcia, B. A. Identification and interrogation of combinatorial histone modifications. Front. Genet. 4, 1–15 (2013).

2.        Arnaudo, A. R., Garcia, B.A. Proteomic characterisation of novel post-translational histone modifications. Epigenetics and Chromatin 6:24 (2013).

3.        Karch, K. R., Zee, B. M. & Garcia, B. A. High Resolution Is Not a Strict Requirement for Characterization and Quanti fi cation of Histone Post-Translational Modi fi cations. J. Proteome Res. (2014).

​​

注册