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提升数据可重现性标准

​​《自然》杂志​(Nature)InsideView 就 Abcam 技术能力如何能够提升数据可重现性的标准采访了 Abcam 分子科学部门副总经理 Michael Weiner。

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Abcam 创始于 1998 年,为研究科学家们提供全球最佳的试剂。自此 Abcam 公司便始终在以前所未有的规模提高验证标准、倡导数据共享并不断寻求简化科学研究的方法,帮助科学家们将浪费在研究意义不大的工作上的时间、精力和金钱降到最低。2011 年,Abcam扩大了科研工具直接生产的规模,并在之后陆续收购了其他生物技术公司的新技术。AxioMx 公司开发的创新技术可在数周(而非数月)内完成重组抗体生产,因此与 AxioMx 公司的合并可谓“天作之合”。2015 年 11 月,AxioMx 及其创始人 Michael Weiner 加入了 Abcam 旗下。下面由 Abcam 分子科学部门副总经理 Weiner 介绍公司的技术实力如何能够为整个研究领域提升数据可重现性的标准。

Q. AxioMx 的体外抗体生产平台为 Abcam 带来了怎样的变化?

五年前,我们为提高重组抗体的生产速度成立了 AxioMx。当时,客户可在一天内拿到合成的短链 DNA;在一周内拿到完整基因组的测序结果;但抗体的生产还是需要 4-6 个月。因此我们计划将这个时间缩短至 2-3 周。该技术最先采用了已经过充分验证的“噬菌体展示”的系统。其中需要用到名为噬菌体的工程病毒,可以将每个噬菌体想象成带有五个支撑柱的月球着陆器,并且其中一个或多个支撑柱上携带有特定的抗体。假设我们拥有十亿乃至万亿个“月球着陆器”,并且各个“月球着陆器”的支撑柱上均连有不同的抗体,则获得包含有数以亿计潜在抗体的抗体库。然后利用生物筛选(biopanning)技术确定能够结合目标抗原的最佳抗体。但该经典实验方案仍显笨拙,因此我们针对各步骤开发出了更快捷的方法和效率提升 10 - 1000 倍的分析系统,而且我敢说它的分析速度是目前最快的。重组抗体的常规生产周期为六周,但我们的最快记录是 19 天(从开始到完成)。这速度非常惊人!而且我们正在尝试将其用时进一步缩短至难以置信的 5 或 10 天。

Q. 这项技术如何整合并辅助 Abcam 的其他平台呢?

Abcam 收购所带来的巨大优势之一是可以借助其在成像技术方面的绝对优势。我们可以从抗体库中找到所研究的噬菌体克隆,而 Abcam 可以根据特异性以及其他属性指导我们哪些克隆最适合培养。所以 AxioMx 的当前研究与 Abcam 的现有技术产生了真正的协同效应。Abcam 的鉴定速度世界第一,而我们则开发出了速度最快的抗体生产方法。该局面得益于 Abcam 在早期完成的部分收购。例如,2012Abcam 还收购了 Epitomics,该公司能够生产质量最好的研究和诊断用单抗。所以,Epitomics 能够生产重组单抗而我们能够生产体外重组抗体,这几乎满足了抗体平台的所有需求。

Q. 科学家们非常需要品质上乘的抗体。目前有哪些措施能够保障产品的一致性和可靠性呢?

例如,整个生产过程中我们都能够对抗体本身进行鉴定以确保其分子量相同。同时,Abcam 还与一家名为 Horizon 的公司合作,以利用 CRISPR 基因编辑技术来验证抗体。这可以算是一种全新的黄金标准了。借助 CRISPR 技术我们可以构建已将特定靶蛋白基因敲除的细胞系。然后检测抗体在上述细胞以及表达有靶蛋白的细胞系中的结合。任何在结合上的差异都是抗体与目标单一靶点特异性结合的最佳佐证。对于启用敲除技术,我们深感自豪。这确实是一项颠覆了验证领域的变革,同时也是目前大规模提升验证标准的最佳选择。

Q. 无法重复其他科学家的研究成果是非常严重的问题,而抗体常成为众矢之的。Abcam 解决上述问题的方法是什么?

生产商有责任确保其工具和试剂与对应说明相符。这方面我们认为 Abcam 近年来已经做得非常出色。首先,我们会仔细检查产品目录并确保自身抗体产品能够发挥其应有功能。另外,我们还设有 Abreview 项目,方便科学家们通过社交网络协助抗体评估。

Q. 恭喜您最近获得了美国康涅狄格卓越研究联合会 (CURE) 授予的“年度企业家”称号。得到同行认可的感觉怎么样?

我真的非常高兴获得这一殊荣。以往都是授予创立公司的学者或使公司发展壮大的 CEO。这是该称号首次授予一名科学家。而看到科学家获奖可能比看到自己的名字刻在奖牌上还具有特殊意义。

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